L'AFPA est engagée dans la recherche pédiatrique, épidémiologique, clinique et de prévention. Elle exerce une activité d'expertise auprès de divers organismes. 

Pour promouvoir cette activité, l'AFPA a mis en place des groupes de recherche réalisant des études sur différents sujets comme la pédiatrie communautaire, l'infectiologie, les troubles de l'apprentissage ou encore la nutrition et l'obésité. 

• Le groupe "adolescent"
  Réalise un travail de réflexion, de formation, d'information pour une meilleure prise en charge des adolescents par les pédiatres.
  Parmi les dernières activités du groupe:
  - participation à la conférence de la famille en 2004 au Ministère de la Santé
  - participation aux groupes de travail de l'INPES pour la rédaction de documents de promotion de la santé et d'éducation en faveur des adolescents, et d'outils d'aide à la consultation par les professionnels (2009)
  - organisation régulière de séminaires et d'interventions sur des thèmes liés à l'adolescence à l'occasion de congrès,
  - collaboration avec la Société Française de Santé de l'Adolescent
  
  
• Le groupe "formation médicale continue"
  L'AFPA est un organisme national agréé pour la formation médicale continue obligatoire des médecins. Ce groupe structure et organise les actions de formation et d'évaluation des pratiques professionnelles permettant aux pédiatres de valider leurs obligations dans ces domaines et d'assurer leur formation continue au plus près de leur exercice.
  
  
• Le groupe "humanitaire"
  A pour objectif de mettre les compétences pédiatriques au service de l'amélioration durable de la santé de l'enfant et de sa famille dans le monde. Trois ONG oeuvrent au sein de ce groupe: Pédiatres du Monde (PDM) qui intervient notamment au Cambodge, en Moldavie et au Maroc, JEREMI et JEREMI RA qui interviennent au Burkina Faso et à Madagascar.
  
  
• Le groupe "imagerie"
  Regroupe les pédiatres diplômés de l'école de Reinart Graf (Autriche) pour une pratique fiable de l'échographie dans le dépistage et le suivi thérapeutique de la luxation congénitale de la hanche.
  
  
• Le groupe "infectiologie et vaccinologie"
  A pour objectif de développer une expertise en vaccinologie en collaboration avec Infovac et de participer à différentes études épidémiologiques en particulier avec ACTIV et le Groupe de Pathologie Infectieuse Pédiatrique (GPIP).
  D'autre part il apporte les compétences des pédiatres libéraux aux instances nationales ou régionales en matière de vaccinologie (DGS, INPES), de même qu'à l'industrie: rotavirus, grippe, hépatite B, amélioration de la couverture vaccinale, semaine OMS de la vaccination...
  Enfin il organise différents types de formations dans ces domaines pour les pédiatres mais aussi pour les médecins généralistes.
  
  
• Le groupe "informatique"
  A créé et gère les logiciels Infansoft et ADMp ainsi que le site internet de l'AFPA.
  Infansoft permet la saisie des données médicales, vaccins, biométries, ordonnances avec interactions, conseils diététiques, ainsi que la comptabilité et la télétransmission. Il permet aussi la réalisation d'études cliniques informatisées de qualité avec de nombreuses inclusions en un temps limité.
  
  ADMp est un système d'aide à la décision médicale partagée on-line qui proposera à terme 500 fiches de pathologie, 500 fiches d'examens complémentaires et 500 documents pour les bases d'utilitaires et de médicaments, mis à jour par 300 auteurs-experts. Ce projet est soutenu par un Fonds d'Aide à la Qualité des Soins de Ville (FAQSV) de la Caisse Nationale d'Assurance Maladie.
  
  Le site internet offre une base documentaire et un lieu d'échanges aux pédiatres adhérents; il permet des enquêtes cliniques en ligne; il est la vitrine web de l'AFPA.
  
  
• Le groupe "neuropsychiatrie"

• Le groupe "neonatalogie"
  Forme et fédère les pédiatres suivant l'enfant, de la grossesse pathologique à la réanimation néonatale et à la prise en charge du nouveau-né pendant les tous premiers jours, en collaboration avec les services d'obstétrique. Ce groupe défind la profession de pédiatre ambulatoire fortement menacée en France et publie des documents sur les maladies et pathologies de l'enfant.
  
  
• Le groupe "nutrition, métabolisme et endocrinologie"
  Informe le grand public sur les avantages de l'allaitement maternel et propose des formations aux pédiatres afin qu'ils sachent mieux répondre aux questions des parents. 
  Il participe activement à la Semaine Mondiale de l'Allaitement Maternel ainsi qu'aux groupes de travail du Ministère de la Santé et de l'HAS pour l'établissement de recommandations et de l'INPES pour la réalisation de brochures d'informatoin.
  
  Sous-groupe "nutrition"
  Réalise des publications sur la nutrition à destination des pédiatres et des fiches pratiques pouvant être distribuées aux familles en consultation. 
  Il met également en place des études cliniques pour la validation de nouvelles formules infantiles et constitue un relais entre le comité de nutrition de la Société Française de Pédiatrie (SFP) et les pédiatres ambulatoires
  Sensibilise le grand public à l'importance du dépistage précoce de l'obésité chez l'enfant notamment en organisant chaque année la Journée Nationale de Prévention et d'Information sur l'Obésité Infantile (JNDOI). Il participe également:
  - à la rédaction du livret INPES concernant la prescription adaptée de l'activité physique à l'enfant en surpoids ou obèse (paru en 2009)
  - au groupe de travail de l'INPES pour la conception d'une mallette d'outils pour aider les professionnels de santé face aux enfants en surpoids (à paraitre en 2010)
  - aux comités de pilotage et groupes de travail pour la mise à jour des recommandations de l'HAS concernant l'obésité de l'enfant (2° semestre 2010)
  - à un groupe de travail pour la réédition des courbes d'IMC du PNNS (juin 2010)
  - aux activités de la Coordination Nationale des Réseaux (REPPOP)
  
  
• Le groupe "pneumologie, allergologie et dermatologie"
  S'intéresse plus spécialement aux maladies allergiques de plus en plus fréquentes chez l'enfant. Il organise chaque année deux séminaires de formation médicale continue conventionnée sur le thème "Asthme de l'enfant: diagnostiquer, éduquer, suivre". 
  La réunion du groupe au congrès de Grenoble s'est faite autour d'un échange sur les nouvelles recommandations de l'HAS sur l'asthme de l'enfant de moins de 36 mois (mars 2009)
  Le groupe a également soutenu une enquête sur l'"Education thérapeutique de l'enfant asthmatique et de sa famille par le pédiatre ambulatoire des recommandations à la réalité de terrain" (comparaison des pratiques dans 4 pays d'Europe). Ses résultats seront rendus au prochain Congrès e la Société Européenne de Pédiatrie Ambulatoire (SEPA-CEPA) à Berlin en novembre 2009.
  Le groupe s'est fait le relais de société pharmaceutiques à la recherche d'investigateurs pour des études de phase III qui ont intéressé certains des membres du groupe.

• Le groupe "rélfexion éthique" initie et coordonne une réflexion fondamentale sur le thème de l'éthique médicale en y introduisant les questions spécifiques propres à la pratique libérale effectuée hors du milieu hospitalier, en un mot ambulatoire.

• Le groupe "uro-néphrologie"
  Organise depuis deux ans 2 séminaires annuels de FMC balayant les problèmes uro-néphrologiques couramment rencontrés en pratique ambulatoire. 
  Des fiches de conseils pratiques pour enfants énurétiques et leur parents ainsi que des conseils mictionnels sont maintenant consultables et téléchargeables sur le site.
  La rédaction de protocoles pour le suivi de maladies néphrologiques et des travaux de recherche clinique sont également des objectifs poursuivis par le groupe.